在本 · 拉登殒命之后，来自埃及的圣战者扎瓦希里（Ayman al Zawahiri）被认为将接替拉登成为基地组织头目。与前任不同，扎瓦希里并不拥有许多圣战者团体的由衷敬佩，甚至还有暴躁易怒且排斥其他同道的名声。他会发现自己很难继承拉登的衣钵，即便他勉力去做，领导地位也是危险而不稳固的。

表面上看，扎瓦希里的履历几乎无懈可击。他15岁时就组建了自己第一个恐怖行动小组，密谋反对埃及政府并因此坐牢，随后辗转苏丹、阿富汗，在“9 · 11”之后，扎瓦希里负责规划基地组织的战略，发表多次演说。他的妻子和两个儿子都在美国空袭中丧生，“国仇”之外再添“家恨”。

但是，当拉登试图调和圣战组织之间的分歧时，扎瓦希里却在加重它们（特别是通过谴责敌对组织的方式）。他尤其与穆斯林兄弟会和哈马斯势不两立。这种立场或许是二号人物的传统——专干脏活以便使老大独享尊荣。但是，扎瓦希里经常尖刻地斥责那些在他看来不够狂热的战士。此外，他的公开讲话也显得远逊于拉登，后者经常被人描绘为具有卡里斯玛式魅力，然而无人把同样的赞美用在扎瓦希里身上。

扎瓦希里曾有入狱的经历，但在酷刑折磨之下，他背叛了自己的同党。他后来曾承认，囚禁中的难熬经历迫使他供出自己的同志，亲手摧毁了运动，把秘密出卖给了敌人。尽管圣战者理解埃及治下的严酷状况，但是这种宽容本身也减弱了他们对扎瓦希里的敬重。在1980年代，扎瓦希里对苏军入侵阿富汗基本作壁上观，而热衷于建立训练营以打回埃及老家。塔利班同拉登站在一起会觉得无上光荣，但同扎瓦希里的感情联系就淡漠得多。

要填补拉登死后的空白，扎瓦希里必须不仅同基地组织内的埃及成员建立信任，而且也要同来自利比亚、阿尔及利亚、沙特、也门的圣战者确立信任。同时，他也需要向世界范围内的圣战者发出信号：拉登已死，但基地仍存。

这些说起来容易，但在巴基斯坦反基地组织的攻势以及无孔不入的情报渗透下，基础工作也变得困难得多。美国情报机构可以根据他们的手机通话、信使见面或其他露面机会来定位基地组织的人物，而这些本来是完成领导权交替的必做工作。

扎瓦希里面临的风险不仅仅是他的个人安全，而且是基地组织的长期存续。拉登之死是一个巨大打击，如果短期内没有新任领导人，将会释放一个信号，即组织已经近乎瘫痪。鉴于扎瓦希里身后还没有明确的继承人，混乱状况会导致筹款和招募人数遽降，长期以往将削弱组织的实力。

扎瓦希里或许已经从拉登身上学到某些领导能力，并已改变他的意识形态立场，他作为圣战者战略家的角色，也不可能被视而不见。但是，这是美国反恐行动的机会之窗。扎瓦希里立足未稳，持续不断的压力可以动摇他的地位，并迫使基地组织接近崩溃。