胡适寓居美国期间曾有两次回台湾，都受到了当局的热烈欢迎与隆重接待。第一次是在1952年11月19日，蒋经国代表其父“总统”蒋介石，以及教育界、学术界的人士约有一千余人到机场迎接，几十位摄影记者拥上前为胡适拍照，许许多多的人争着同他握手，胡适笑着说：

　　“我今天好像是做新娘子。”

　　当晚蒋介石设宴款待胡适。12月22日上午又请胡适陪同在新竹检阅部队。蒋介石一门心思要“反攻大陆”，胡适检阅后兴奋地附和说：“参加检阅的军队六万多人，由于天气关系，没有见到空军配合参加。受检阅的部队装备是新的，体格强健，精神很好，使我看了很高兴。”

　　胡适

　　除了蒋氏父子外，胡适这次回台湾还和其它政要与党国元老如陈诚、朱家骅、谷正纲、王宠惠、吴稚晖、于右任、程天放等有或多或少的接触。话题自然都离不开“反共”、“复国”。

　　胡适在台湾一共逗留了两个月。离开之前的晚上曾晋谒蒋介石，两人进行了范围广泛的长谈。第二天（1953年1月17日）乘机赴日本东京转飞美国，他对代表蒋介石到机场送行的蒋经国说：“总统对我太好了。昨天我们谈得很多，请你替我谢谢他。”

　　胡适第二次回台湾是在1954年2月18日，此行主要是为了参加伪“国民大会”第二次会议。在19日举行的开幕典礼上，胡适担任临时主席并致开幕词。又被选为大会主席团主席之一。对中国国民党推定蒋介石、陈诚为正副总统候选人，胡适表示他“十二万分的赞成”，“理由是国家处境艰难，除蒋总统以外，没有人比蒋总统领导政府更为适当，更能有效完成反攻复国建国的历史使命。”而陈诚（时任行政院长）“是蒋总统最适当最理想的助手”。3月22日蒋介石当选为“中华民国”第二任总统，胡适对记者发表谈话说：

　　“蒋总统的当选连任，表示百分之一百的赞成，今后六年，是国家民族最艰难困苦的阶段，只有蒋先生才能克服一切困难，蒋先生肯负此项重大的责任，表示万分的钦佩和感谢。”

　　随后不久，蒋介石于7月16日聘请胡适担任了“光复大陆设计委员会”副主任委员。主任委员由“副总统”陈诚兼任。

　　胡适设想：在台北南港借一块地，他自己出钱盖一所小房子，利用“中央研究院”历史语言研究所的丰富图书，在有生之年完成《中国思想史》、《中国白话文学史》。蒋介石早就想让胡适回台湾，听说胡适有意回台定居，蒋介石表示愿意用他的《苏俄在中国》一书的版税所得给胡适在南港盖一所房子，用不着胡适自己出钱。1957年11月4日蒋介石以“总统”身分发布明令：

　　“代理中央研究院院长朱家骅呈请辞职，应予照准。此令。

　　特任胡适为中央研究院院长。此令。”

　　1958年4月2日胡适从纽约启程，4月8日抵台北，“副总统”陈诚率高级官员以及文化教育界人士约500多人到机场迎接。4月9日蒋介石在士林官邸以茶点款待胡适。4月10日上午9时“中研院”举行新任院长就职典礼，胡适正式接受了“中央研究院”的院长职务。他在典礼上讲话说：

　　“我已经六十七岁了，照西洋的看法已过了六十六岁。学术界有个普遍的规矩，年满六十五岁的学者退休之后，可以做他自己喜欢做的事，把研究工作让生力军补上。我已过了退休年龄一年有半，应该退休，享我退休的权利，做我自己喜欢做的事：看书、写文章。但在这个时候，国家艰难，而时代已进入原子能科学时代，国家需要科学，国家需要学术基础，而我们应为国家努力建立学术科学研究的基础，何况我们对中央研究院三十年来都有密切的关系。希望各研究所所长，各位研究员同人同我一致向这个目标前进。”

　　就职典礼完毕之后，接着举行第三次院士会议的开幕式。胡适以院长身份主持，正、副“总统”蒋介石与陈诚均亲自莅会。蒋介石并致训词，强调“为早日完成反共抗俄使命”，“希望今后学术研究，亦能配合此一工作来求其发展。”胡适对应道：“我个人认为，我们学术界和中央研究院挑起反共复国的任务，我们做的工作，还是在学术上，我们要提倡学术。”

　　台湾当局为胡适在“中研院”所在地台北南港盖好了房子，所需费用除蒋介石一本书的稿酬外，“中研院”报请“行政院”批准，由“中研院”追加预算20万元。建筑系一栋平式小洋房，占地50坪，有书房一间、客厅连餐厅一间、卧室两间、客房一间，此外还有厨房、配餐室及佣人的小房间。总的面积并不大，但环境很幽静，适宜胡适读书做学问。

　　胡适在台湾也有不如意甚至很烦心的时候：他卷入了“自由中国”事件。

　　《自由中国》半月刊1949年11月20日创刊于台北。胡适在从中国大陆逃往美国的途中，应志同道合者的要求写了一篇发刊词，题为《〈自由中国〉的宗旨》。初期又一度担任《自由中国》杂志的发行人。

　　《自由中国》杂志是自由主义知识分子的喉舌，反映的是自由主义知识分子的意愿，表达的是自由主义知识分子的呼声，鼓吹的是自由主义知识分子的政治纲领。而胡适是中国自由主义知识分子的主要代表人物，是中国自由主义知识分子的灵魂与领袖，所以由他来阐明刊物宗旨和做发行人，自然是顺理成章的事情。以后胡适主动辞去《自由中国》杂志发行人，这一职务改由他的好友雷震（字儆寰）担任。

　　这一派自由主义知识分子，他们的反共立场是十分明确的，毫不含糊的；同时这些人又十分崇拜美国的所谓民主制度，认为“反共”事业在中国大陆遭到失败的重要原因，在于蒋介石未能实行美国式的民主。雷震就对时政多有批评，他主张国民党应从失败中吸取教训，实行党政分开和军队国家化，开放言禁。这样就触犯了蒋介石的大忌。1960年9月雷震因《自由中国》案被台湾当局逮捕，并判处有期徒刑12年。

　　雷震一案不能不牵涉到胡适。加之胡适不赞成蒋介石连任第三届“总统”，希望他做一个“无智、无能、无为”的“三无”元首，引起了蒋介石的不快。蒋介石重判雷震，也许含有“杀鸡给猴看”的意味在内。

　　当时胡适正在美国西雅图出席“中美学术合作会议”，10月7日晚（美国时间）雷案宣判之后，美国各报8日早晨迅速刊登报道，胡适接连两天都不敢见人，公共场所也不敢去。10日那一天他是躲在乡下朋友家里度过的。

　　胡适为雷震鸣冤叫屈，多方营救未果，致使心情一度十分郁闷。回到台北后，11月18日上午11点半即在张群的陪同下拜谒蒋介石，这次的气氛比之往常似乎显得有些不大融洽。胡适在扼要汇报了“中美学术合作会议”的情况后，快到吃午饭的时间了，便对蒋介石说不知道总统还有什么问题要问问他。

　　蒋介石说：“请你谈谈政治形势罢。”

　　胡适问：“国内的？还是世界的？”

　　蒋介石说：“整个世界的。”

　　胡适只好讲了讲联合国大会和美国大选。“说完了，──我忍不住说：我本来对岳军先生说过，我见总统，不谈雷案。但现在谈到国际形势，我不能不指出……”

　　胡适将他胸中憋闷已久的话倒了出来，告诉蒋介石说当局对这件事情的处置有欠明智，已经在台湾岛内外产生了很不好的影响，舆论普遍认为政府畏惧并摧残反对党，台湾没有言论自由，仍是戒严区……这样严重的不利后果当局恐怕还没有“深知”。

　　蒋介石说：“我对雷震能十分容忍。如果他的背后没有匪谍，我决不会办他。……我也晓得这案子会在国外发生不利的反响，但一个国家有他的自由，有他的自主权，我们不能不照法律办。”

　　胡适赶紧声明：“关于雷案与匪谍的关系，是法庭的问题。我所以很早就盼望此案能移交司法审判，正是为了全世界无人肯信军法审判的结果。……这样重大的案子，只开了八个半钟点的庭，就宣告终结了，就定期八日宣判了！这是什么审判？我在国外，实在见不得人，实在抬不起头来。”

　　蒋介石皮笑肉不笑，说：“胡先生同我向来是感情很好的。但是这一两年来，胡先生好像只相信雷儆寰，不相信我们政府。”

　　“这话太重了，我当不起。”胡适诚惶诚恐，只得当面重申1949年他刚到美国时说过的一句话：“我愿意用我道义力量来支持蒋介石先生的政府”。并对蒋介石郑重表示：“我在十一年前说的这句话，我至今没有改变。”

　　蒋介石这下满意了。气氛终于有了缓和。胡适借机又向蒋介石进言：“十年前总统曾对我说，如果我组织一个政党，总统不反对，并且可以支持我。……我今天盼望的是：总统和国民党的其它领袖能不能把那十年前对我的雅量，分一点来对待今日要组织一个新党的人？”蒋介石未置可否。

　　时间已经很晚了，胡适起身告辞。蒋介石亲自送他到接待室门口，两人才握手相别。

　　尽管发生了雷震一案，但胡适并不愿和蒋介石公开决裂，仍打算与之“相忍为国”。

　　他把他望七之年回北大的梦想，寄托于蒋介石反攻中国大陆。蒋介石确实在积极准备反攻中国大陆，但最终竹篮打水一场空，因此胡适“望七之年回中国大陆”也成为了永远无法实现的幻梦。

　　1962年2月24日胡适在台北因心脏病猝然去世。蒋介石亲往殡仪馆祭吊，并手书挽联盛赞胡适：

　　新文化中旧道德的楷模

　　旧伦理中新思想的师表